Postdoktor i folkhälsovetenskap med fokus på bioinformatik

Beskrivning

Folkhälsovetenskap tillhör institutionen för hälsovetenskaper vid fakulteten för hälsa, natur- och teknikvetenskap vid Karlstads universitet. Inom ämnet bedrivs forskning och utbildning med fokus på barns liv och hälsa inom tre medicinska spår; ett miljömedicinspår med fokus på miljöfaktorer tidigt i livet och deras betydelse för hälsa och utveckling hos barn, ett samhällsmedicinspår som fokuserar på utsatta barn, våld i nära relationer och hälsofrämjande miljöer, samt ett spår inom medicinsk vetenskap som omfattar bland annat anatomi, fysiologi och patologi.

Av betydelse för den aktuella anställningen är SELMA-studien, en graviditetskohort som följer mer än 2 000 mor-barn-par från tidig graviditet, över förlossning och upp i skolålder med fokus på miljöfaktorer, genetik/epigenetik och barns hälsa och utveckling. Vår forskning inom SELMA sker i nära samarbete med världsledande institutioner i Sverige, Europa och USA, där vi kopplar samman våra epidemiologiska studier med experimentella undersökningar i cell- och djurmodeller för ökad molekylär förståelse och bättre riskbedömningssystem för farliga kemikalier. Forskningen finansieras av forskningsråd nationellt (Vetenskapsrådet, Formas) och inom EU och National Institutes of Health (NIH) i USA.

Arbetsuppgifter

Anställningen är central i två projekt inom ramen för SELMA-studien. Det första projektet är ett stort EU-projekt, RE-MEND, där vi tillsammans med 15 internationella partners undersöker skyddande och resilienta faktorer som påverkar den psykiska hälsan i endokrinkänsliga livsstadier. I det andra projektet, Epi-Clock, undersöker vi om den prenatala miljön kan påverka epigenetiska klockor hos barn och vidare undersöka om sådana förändringar i den epigenetiska klockan är associerade till barns neuroutveckling.

Karlstads universitets roll i projekten är att analysera och tolka data inhämtad från SELMA-kohorten utifrån frågor om biologi. I anställningen som postdoktor kommer du att ha en nyckelroll i upprättandet av analytiska pipelines baserade på relevant SELMA-data, bedriva nära samarbete med läkare och andra experter som krävs för att tolka resultaten samt etablera nya forskningsprojekt baserade på SELMA-projektet och andra kohorter.

Behörighetskrav

Behörig att anställas är du som har en doktorsexamen inom bioinformatik eller annat närliggande ämne. Du kan även ha en utländsk examen som bedöms motsvara en svensk doktorsexamen. Doktorsexamen måste vara utfärdad innan beslut om anställning fattas och högst tre år före ansökningstidens utgång. Äldre examen kan beaktas när särskilda skäl föreligger till exempel ledighet på grund av sjukdom, föräldraledighet, klinisk tjänstgöring, förtroendeuppdrag inom fackliga organisationer, tjänstgöring inom totalförsvaret eller andra liknande omständigheter eller för ämnesområdet relevant tjänstgöring/uppdrag.

Du har praktisk erfarenhet av beräkningsbiologi med fokus på statistisk analys av stora kliniska datamängder samt gedigen erfarenhet av flera omics-teknologier och deras analys och integrering. Du har erfarenhet av DNA-metylering med både array- och sekvenseringstekniker samt DNA-sekvensanalys.

Goda kunskaper i engelska, i tal och skrift, krävs eftersom arbetet bedrivs i en internationell forskningsmiljö.

Bedömningsgrunder

Den sökandes vetenskapliga och tekniska skicklighet bedöms utifrån vetenskapliga publikationer, dokumenterad erfarenhet från forskningsprojekt och bidrag till open source-projekt, såsom tex GitHub-portfölj.

Av särskild vikt

• God förmåga att självständigt planera, genomföra och utveckla bioinformatiska analyser av stora kliniska datamängder inklusive DNA-metylering med fokus på prediktiv modellering, programmering, utveckling av reproducerbara bioinformatikflöden, samt kunskap om molekylärbiologiska verktyg och sekvenseringstekniker.
• Erfarenhet och färdighet i minst ett programmeringsspråk (företrädelsevis R eller Python), goda kunskaper i datarensning, visualisering (t.ex. pandas, matplotlib, ggplot, plotly) och skriptspråk i Linux-miljö (Bash).
• Goda praktiska färdigheter i statistisk analys (dimensionell reduktion, klustring, hypotesprövning, korrigering av batch-effekter, FDR-kontroll) samt tidigare praktisk erfarenhet av prediktiv modellering och maskininlärning.
• Eftersom data från SELMA-studien kommer att jämföras med data inom RE-MEND-projektet krävs även erfarenhet av arbete med data genererade genom Oxford Nanopore-sekvensering.
• Erfarenhet av metoder och verktyg som bidrar till reproducerbar forskning och hög kodkvalitet, exempelvis versionshantering, arbetsflödessystem, containerisering och strukturerad dokumentation.

Av stor vikt

• God förmåga att kommunicera forskningsresultat och komplexa frågeställningar på ett tydligt och pedagogiskt sätt till olika målgrupper.
• God samarbetsförmåga och förmåga att arbeta effektivt i tvärvetenskapliga forskningsmiljöer.
• Förmåga att självständigt planera, prioritera och driva arbetsuppgifter framåt med gott omdöme, ansvarstagande och engagemang för verksamheten.
• Ett positivt och professionellt förhållningssätt till kollegor, studenter och samarbetspartners.
• God analytisk förmåga samt ett strukturerat och noggrant arbetssätt.

Meriterande

• Grundläggande förståelse för mänsklig fysiologi och molekylärbiologi.
• Erfarenhet av tvärvetenskapliga samarbeten med kliniskt verksamma professioner, exempelvis läkare.
• Erfarenhet av nationella eller internationella forskningsnätverk och samarbeten.
• Dokumenterad erfarenhet av undervisning och pedagogisk utveckling.
• Genomförd högskolepedagogisk utbildning.

Villkor

Anställningen är en tidsbegränsad anställning på heltid som postdoktor under 2 år med eventuell möjlighet till förlängning 1 år med start i november 2026 eller enligt överenskommelse.

Ansökan

Ansökan görs i universitetets webbaserade rekryteringsverktyg Varbi. Läs fullständig annons här: https://www.kau.se/jobba-hos-oss/jobb/lediga-anstallningar